刘秀平定王郎声威日盛，更始政权开始忧虑了，他们要调虎离山，先加封刘秀为萧王，再令刘秀罢兵带有功将领回长安伴驾。与此同时下令邯郸所在的赵国归谢躬，北边重镇设幽州牧，管渔阳、上谷等郡，别令苗曾为幽州牧，韦顺为上谷太守，蔡充为渔阳太守。刘秀接诏后，心里凉了一半，心事重重，昼卧温明殿，不理政事。
诸将也是议论纷纷，心怀不满，尤其是北州将吏，当初投奔刘秀时，早已与更始贰心，现在连老家也要易主，更是不服。大伙商议之后，一致意见是拒不从命。耿弇是北州集团最得刘秀信任的年轻将领，铫期血战建功，代表原班人马。他们派耿弇和铫期向萧王刘秀进言。耿弇先来到刘秀床前，向刘秀请示：“吏士死伤者多，请让我归上谷增兵。”，刘秀反问：“王郎已破，河北略平，复用兵何为？”耿弇答道：“王郎虽破，天下兵戈才开始啊。今使者从西方来，欲罢兵，不可听。铜马、赤眉之属数十辈，辈数十百万人，所向无前，圣公不能办也，败必不久。”刘秀一惊，耿弇以圣公称呼更始皇帝刘玄，又称刘玄必败，到底什么心思？刘秀好不容易虎口脱险，深知其中厉害。几乎是条件反射立刻坐起来，怒喝道“卿失言，我斩卿！” 。
耿弇赶紧说：“大王哀厚弇如父子，故披赤心为大王陈事。”刘秀回思一番，心放下来，和颜悦色对耿弇说：“我戏卿耳。”于是耿弇说了一番理由：“今更始失政，君臣淫乱，诸将擅命于畿内，贵戚纵横于都内。天子之命，不出城门，所在牧守，辄自迁易，百姓不知所从，士人莫敢自安。虏掠财物，劫掠妇女，怀金玉者，至不生归。元元叩心，更思莽朝。又铜马﹑赤眉之属数十辈，辈数十百万，圣公不能办也。其败不久。公首事南阳，破百万之军；今定河北，据天府之地。以义征伐，发号响应，天下可传檄而定。天下至重，不可令它姓得之。闻使者从西方来，欲罢兵，不可从也。今吏士死亡者多，弇愿归幽州，益发精兵，以集大计。”
耿弇说得好，更始政乱，刘秀首举义旗，昆阳大战，丰功伟绩，现救民水火，担负起天下的兴亡完全是合情合理，众望所归。刘秀大喜，这时铫期也来奏事，铫期说：“河北之地，界接边塞，人习兵战，号为精勇。今更始失政，大统危殆，海内无所归往。明公据河山之固，拥精锐之众，以顺万人思汉之心，则天下谁敢不从？”。刘秀笑道：“卿家真想呼‘跸’吗？”跸是皇帝清道专用的。
这时的更始政权的确到了转折关头，内政不修，外患四起。 梁王刘永割据睢阳，公孙述称王巴蜀，李宪自立为淮南王，秦丰自号楚黎王，张步起琅邪，董宪起东海，延岑起汉中，田戎起夷陵，他们各命将帅，侵掠郡县。
又有农民武装别号铜马﹑大肜﹑高湖﹑重连﹑铁胫﹑大抢﹑尤来﹑上江﹑青犊﹑五校、檀乡﹑五幡﹑五楼﹑富平﹑获索等各领部曲，众合数百万人，到处寇掠。
这些农民武装的名称别致，有的以山川土地为名，比如檀乡﹑高湖、富平；有的以军容强盛为号，比如铜马﹑铁胫﹑青犊；有的以抢掠特征得名，比如大抢﹑尤来﹑获索。
最大的农民武装赤眉军已经和更始政权对抗，向西进攻到了颍川逼进函谷关。赤眉军以及其他农民武装根本不进行政权建设，其性质决定其永远是一支寇掠性组织。
很明显，更始政权已面临败亡。自立一方，担负起统一天下的使命是刘秀君臣的共识。随后，刘秀向更始政权托词以河北未平，不能就征，同时对忠于更始政权的谢躬保持戒备。谢躬率领的军队有十万人，比刘秀部还多，这支部队军纪松弛，暴横，好掳掠，士卒掳掠也不报告，百姓恨之入骨，与刘秀部多次发生冲突，这时也驻扎在邯郸，刘秀部与之分城而住，彼此戒备。
刘秀命吴汉、耿弇北发幽州十郡兵，之前刘秀问邓禹，谁能胜任解决更始幽州政权以及调发幽州兵的重任，邓禹推荐了吴汉，说吴汉为人，勇鸷有智谋，诸将鲜能及者。刘秀当即拜吴汉为大将军，持节北发十郡突骑。
更始幽州牧苗曾听说后，暗地里部署部队，命诸郡不肯应调。吴汉质厚少文，被人公认为奇士，在北州有人望。吴汉带着二十骑先驰至无终，苗曾以吴汉无备，出迎于路，吴汉当即指挥兵骑，收苗曾斩之而夺其军。北州震骇，城邑莫不望风弭从。遂悉发其兵，引而南，与光武会清阳。吴汉夺军，其胆识胜过《三国演义》里关云长单刀赴会，反过来说，绿林军是一群没有主义和理想更不讲忠义，以利益聚合的乌合之众，被屡屡夺军也是必然。与此同时耿弇回到了上谷，联结当地官吏豪强，命人拿了韦顺﹑蔡充斩之。
吴汉带着队伍浩浩荡荡回到清阳（清河郡），诸将望见吴汉还，士马甚盛，都说：“是宁肯分兵与人邪？”及吴汉至幕府，上兵簿，诸将人人多请兵。刘秀说：“属者恐不与人，今所请又何多也？”诸将皆惭愧。
这时，刘秀军刚刚与铜马在镍（巨鹿）发生战斗，之后铜马入清阳（贝州县）、博平(博州县)，铜马大军有数十万之众，正需要用兵，吴汉来得正好，一场大战就此爆发，刘秀军先锋是邓禹和盖延，盖延渔阳要阳人。身长八尺（1.86米），弯弓三百斤，边俗尚勇力，而盖延以气闻。盖延率部先到清阳，敌军强大，盖延等战不利，退保城，被铜马围困。铫期等诸将数与之交战，连战不利，铫期乃背水而战，所杀伤甚多。这时邓禹援军赶到，大破铜马，俘虏其大将，解了围。之后刘秀大军赶到。刘秀见敌人尚强，不想硬拼，于是坚营自守，铜马有小股出掳掠者，就消灭他们，断了他们的粮道。过了一个月，铜马无粮，在一个黑夜逃跑，刘秀率部急追，追到馆陶（属魏郡），大破之。铜马余部纷纷投降， 这时高湖﹑重连又从东南来和铜马余部联合，刘秀诸部再与之大战于蒲阳（完县东南），这些武装皆降。
刘秀封其渠帅为列侯。降者犹不自安，光武心知其意，令各归营勒兵，然后乘轻骑到队伍里巡查。降者互相说：“萧王推赤心置人腹中，安得不投死乎！”由是皆服。刘秀将降兵分配给诸将，现在人马有数十万了，故关西号光武为“铜马帝”。
有人鼓吹“兵以诈立”这是错误的，应该是“兵以信立”，信任就是战斗力，现存毛 泽 东最早的一篇文章《商鞅徙木立信论》，就明确指出变法、强国、强军的基础在于先立信。刘秀以恩信治军，从此之后，铜马这支乌合之众就被注入了灵魂，成为了一支无坚不摧的劲旅。
现在刘秀兵强马壮，消灭农民军的同时也在策划消灭谢躬军，谢躬军是更始政权派来平定王郎的，人多势众，当初还是谢躬军首先围困邯郸，他们和刘秀军关系很不好，屡次想袭击刘秀，只是畏惧刘秀军势力强、戒备严而没得逞。刘秀也抱着同样的想法，有一次在邯郸城内，刘秀请谢躬赴宴，准备在席间杀掉谢躬，这时刘秀忽然发现故人马武也在场，马武是南阳湖阳人，小时候就犯法，早年投奔绿林军，后来同刘秀一起参加过昆阳战役，越艰巨的战斗越敢拼命，刘秀很器重马武，想招降他，于是放弃了这次机会。酒席过后，刘秀带着马武登赵王丛台，看着周边的景色，刘秀指着下面的军营，对马武说：“吾得渔阳、上谷突骑，欲令将军将之，何如？”这么一支精兵交给马武，马武异常振奋，但他还是很谦虚地说：“驽怯无方略。”刘秀笑道：“将军久将，习兵，岂与我掾史同哉！”马武从此归心。
随着刘秀势力扩张很快，谢躬暂时打消了袭击刘秀军念头，他想先消灭农民起义军，吞贼自大。刘秀在邯郸城时，经常慰问谢躬，对谢躬勤于
职事赞不绝口，说：“谢尚书真吏也”。谢躬从此也放松了警惕，但是谢躬妻子却很有见识，她知道刘秀很厌恶这支军队，刘秀军常常忿忿不平，
她就对谢躬说：“君与刘公积不相能，而信其虚谈，不为之备，终受制矣。”还是谢躬妻子了解刘秀，刘秀的“诚意”并非愚诚，是不对敌人的。谢躬并非没有戒心，但两军并没有决裂，表面上他们还有共同的目标－平贼，一些事也来不及深想。
这天刘秀对谢躬说，我要南击青犊，虽有十余万贼人，但是预计追到射犬，一定会打败他们，青犊一败，在山阳的尤来必然惊走，逃往隆虑山方向，君可乘机消灭他们，谢躬说“善”。
刘秀发动的射犬战役开始并不顺利。当时有赤眉、青犊、上江、大彤、铁胫、五幡十余万众都在射犬，耿纯军当先锋，离大营数里扎营，贼先发制人忽然夜攻耿纯大营，箭如雨下，士多死伤，耿纯善治军，部属又都是族人，故训练有素，他命令部曲坚守不动。又悄悄地选敢死二千人，拿着强弩，各带三矢，衔枚而行，绕出贼后，齐声鼓噪，强弩并发，贼众大惊乱走，遂破之。驰骑报告刘秀。刘秀第二天早晨和诸将都到耿纯大营，慰劳耿纯说：“昨夜困乎？”耿纯曰：“赖明公威德，幸而获全。”刘秀说：“大兵不可夜动，故不相救耳。军营进退无常，卿宗族不可悉居军中。”他命令给耿纯宗族安排屯居地。耿纯起兵时“老病者皆载木自随”，令人为之感慨，以至后世常有抬榇而战的壮举，但多少有作秀的成分，诚是不用“秀”的。
没等汉军用过早饭，农民军就摆开阵列，与之展开决战，农民军首先攻击铫期辎重，他们见到物质财富时总是两眼放光，抢掠远比消灭敌人更让他们兴奋。铫期奋力还击，挺身搏战，杀伤数十人，身受三创，越战越勇，农民军终于败退下去。
这时汉军也向农民军发起一波又一波的冲击，从早晨一直打到中午，农民军阵坚不却，刘秀下令说“吏士皆饥，可且朝饭。”贾复回答：“先破之，然后食耳。”贾复自号羽山将军，他顶着长长的羽毛显得格外耀眼，贾复一马当先，所向皆靡，贼乃败走。诸将咸服其勇。这股农民军被彻底打散了。
之后刘秀向河内进军，逼降了河内太守韩歆，招降了岑彭。岑彭字君然，南阳棘阳人，王莽时为棘阳县令，被汉军攻破后，投奔甄阜，后又逃回南阳守城，汉兵攻打南阳，城中食尽后，岑彭投降汉军，因在小长安聚岑彭力战甚勇，杀汉军甚众，众人要杀岑彭，被刘縯救下，刘縯称岑彭是有节操的义士。岑彭后成为光武时期有名的儒将。
这时消灭的谢躬的计划也在进行中，不出所料，尤来果然北去隆虑山，谢躬留大将军刘庆、魏郡太守陈康守邺城，自率诸将出击。谢躬骄傲轻敌，而尤来则是穷寇死战，其锋不可当，谢躬军死者数千人。刘秀神机妙算，早就埋伏了吴汉和岑彭两支军队，乘谢躬大军出动时采取行动，吴汉令说客去劝说陈康，大意是“长安政乱，已失人心，四方云扰，谢躬内背萧王，外失众心，萧王兵强马壮，河北归命，现在你占据危城，是灭亡之道，又不是义，也不是节，不如开门迎降，转祸为福。”
陈康还真听了，捉拿了谢躬妻子，开门迎入吴汉，谢躬回城不知变故，只带了几百骑兵，吴汉伏兵拿下，谢躬正伏在地上向岑彭面前请罪，吴汉赶过来说：“何故与鬼语！”一刀杀了他。杀了谢躬，他的队伍也都投降了。
谢躬的部队和其他绿林军一样，并无赤胆忠义之人，是利害相聚的一伙盗贼。故而得以杀将夺军。
马武知道消息后，跑到射犬投降刘秀，刘秀见之甚欢，把他安排在身边，每到喝酒的时候，马武都抢先敬酒，毫无顾忌。刘秀喜欢马武的豪爽，要把原来谢躬的部属交给他，马武叩头不愿，刘秀很赞赏，愈加重用。
射犬战役后，时局又发生新的变化，青犊﹑赤眉军入函谷关，开始进攻关中了。刘秀认为窥视关中的机会到了，就决定派邓禹率六裨将引兵向西，乘更始﹑赤眉之乱见机行事。在洛阳还有更始的大司马朱鲔﹑舞阴王李轶统兵30万坐镇，虎视耽耽，刘秀派冯异守孟津以拒之。刘秀自己带兵继续北击农民军。
接受了上次信都失守的教训，刘秀要选一名得力的将领守住新开辟的根据地河内。河内郡地形险要，前河后山，太行山位于河南西北部边缘地带，整个山脉呈弧状向东南突出，东南两面，山势明显降低，遍布低山、丘陵、盆地和河流谷地。春秋时候黄河沿着滑县北去，表里山河，故称为河内。刘秀问邓禹谁堪当此任？邓禹推荐寇恂，邓禹说：“昔高祖任萧何于关中，无复西顾之忧，所以得专精山东，终成大业。今河内带河为固，户口殷实，北通上党，南迫洛阳。寇恂文武备足，有牧人御众之才，非此子莫可使也。” 当初寇恂来时，就结交邓禹，数奉牛酒交欢。寇恂谋略邓禹也佩服。刘秀听了以后，找到寇恂对他说：“河内完整富裕，我将因此地兴起，昔高祖留萧何镇关中，我今委公守河内，坚守转运，给足军粮，率厉士马，防遏朱鲔﹑李轶兵马，不要让他们北渡。”
刘秀带领众将一路北扫，打击铜马、重连、高胡，皆破之 ，吴汉领突骑五千为军锋，数先登陷阵。之后又追击尤来、大枪、五幡于元氏，之后耿弇带精骑为先锋，每战必破。打到了顺水北，刘秀遭遇了来河北以来最大的一次失利。
当时汉军一路穷追，追到了顺水北，尤来、大枪、五幡无处可逃，反而成为誓死一战的穷寇，汉军已经疲惫，在农民军的猛烈反击之下，全线溃退，农民军追击甚急，刘秀中军与之短兵相接，渐渐不支，刘秀弃马，奔上高岸，这时遇到突骑王丰，下马授刘秀，刘秀扶着他的背上马，回头笑对耿弇说：“差点被贼虏嗤笑！”这时贼众已经爬上来了，耿弇开弓搭箭，连发连中，射退追敌。汉军形势仍十分危急，前面汉军跑，后面农民军紧追，死者数千人。汉军已经溃不成军，正在这千钧一发的时刻，马武领一支劲旅出现了，马武勒军殿后，抓住战机反冲锋，农民军不敢再进逼，汉军得以退保范阳。
众人返营后，不见刘秀，有人说刘秀已经死在军中了，诸将慌了，不知如何是好，散伙的心都有了，这时吴汉说话了：“萧王的兄子，即刘縯之子刘章和刘兴还在南阳，何忧无主？”。其实刘秀骑王丰小马早已回营，营门没有发觉，这时他故意不露面，想看看动静。汉营惊扰了几天才重新振作起精神。农民军虽然取胜，但是败仗吃得太多了，仍然胆怯。所以乘黑夜又逃走了，刘秀带大军继续穷追，到了安次，同铜马与五校继续交战，这回由锐气正旺的马武军当先锋，马武力战无前，诸将皆引而随之，强弩将军陈俊很英勇，他下马步战，手接短兵，所向必破，追奔二十余里，斩其渠帅而还。此役斩首三千余级。
刘秀望见陈俊的背影，感叹道：“战将尽如是，岂有忧哉！”。五校退入渔阳郡，他们缺乏粮草，到处掳掠。陈俊对刘秀说：“让百姓坚壁清野，我军轻骑打击敌人征粮部队，可不战而灭也。”五校兵战斗力一直较强，硬拼伤亡很大，但是这支军队最大的弱点是粮草一直很匮乏。刘秀点头称是，不久五校兵散。刘秀高兴得对陈俊说：“困此虏者，将军策也。”刘秀返回蓟县，命耿弇与吴汉﹑景丹﹑盖延﹑朱佑﹑邳彤﹑耿纯﹑刘植﹑岑彭﹑祭遵﹑坚镡﹑王霸﹑陈俊﹑马武十三将军，追贼至潞东，及平谷，再战，斩首万三千余级，遂穷追于右北平无终﹑土垠间，至浚靡而还。残敌散入辽西、辽东，为乌桓、貊人所抄击，略尽。
刘秀北征后，把南线的胆子交给寇恂、冯异二人，寇恂在河内，移书属县，讲兵习射，伐淇园之竹，为矢百余万，养马二千匹，收租四百万斛，转以给军。
冯异是一名典型的儒将，为人谦退不伐，行路和诸将相遇时，总是引车避道。进止皆有表识，军中号为整齐。每到休息场合，诸将并坐论功，冯异常独屏树下，军中号曰“大树将军”。到分属士卒之时，军士们都愿归属大树将军，光武因此分兵甚多。
这时他把守魏郡，防御黄河重要渡口孟津，他利用当初和李轶的关系，策反李轶，他派人给李轶捎信，信中称：更始政权疏不闲亲，远不踰近，赏罚不公，贤能不用，赤眉临郊，王侯构难，大臣乖离，纲纪已绝，四方分崩，异姓并起。萧王英俊云集，百姓风靡，有西伯之德行。希望李轶能觉悟成败，亟定大计，论功古人，转祸为福。如若不然，猛将长驱，严兵围城，虽有悔恨，亦无及已。
李轶本是反复无常的小人，见时机不利，也动了贰心。只是因为当初陷害伯升，欲降而又不自安。这时得了冯异的信，如蒙大赦。复信写道：“轶本与萧王首谋造汉，结死生之约，同荣枯之计。今轶守洛阳，将军镇孟津，俱据机轴，千载一会，思成断金。唯深达萧王，愿进愚策，以佐国安人”。冯异见策反有效，就放心北攻天井关，拔上党两城，又南下河南成皋已东十三县，及诸屯聚，皆平之，降者十余万。
眼看刘秀势力影响到了黄河以南，朱鲔命武勃带万余人进攻叛降者，冯异渡河攻击，和武勃战于士乡，大破斩首五千余，并斩武勃，李轶闭门不出，见死不救。冯异就把李轶情况向刘秀报告。刘秀见到来信，见李轶写的“轶本与萧王首结谋约，结死生之约，同荣枯之计”他想起当初与李轶加相亲爱，到了更始登基，李轶反而两面三刀，陷害伯升的事实，心里一阵厌恶。这回见李轶又要卖友求荣，更加反感这种反复无常的小人，于是就把这封信公开泄漏出去。
回报冯异说：“轶多诈不信，人不能得其要领，今移其书。”。朱鲔得知后，大怒，派人刺杀了李轶。从此后更始军军心动摇，互相猜忌，多有降者。
刘秀这是借刀杀人，同时也教育诸将，不可当小人，小人没有好下场。
朱鲔整顿军马，乘刘秀大军远在燕﹑赵，令将军苏茂带三万人渡河攻击温县，朱鲔自将数万人攻平阴以牵制冯异，温县是寇恂的防区，他整军驰援，并通知属县共会温县，有人劝谏说：“洛阳兵来，前后不绝，应该等援军到齐，再出击不迟”，寇恂说：“温县是河内郡的门户，一旦丢失，河内就不可守”，于是立刻驰援，与苏茂军会战，这时冯异派校尉护军援救温县也刚好来到，诸县兵也都先后来到。士马四集，幡旗蔽野。寇恂于是令士卒乘城鼓噪，大呼言曰：“刘公兵到！”苏茂军听到后，陈列异动，寇恂抓住战机，立刻奔击，大败苏茂，一气渡河追到洛阳，斩了副将贾强。洛阳兵自投河死者数千，生俘万余人。那边朱鲔也被冯异击败，之后当冯异转攻洛阳时，朱鲔以为时机已到，大出军欲攻击留守河内的岑彭，这天正好大雾，朱鲔认为不可战，就下令先收黍作军粮，没想到岑彭突然出击，大败朱鲔。冯异、寇恂追到洛阳后，耀武扬威，绕城一圈而还，从此洛阳震恐，城门昼闭。
喜讯传到刘秀那里，当时正有传言说朱鲔破河内，不久寇恂捷报传来。刘秀大喜道：“吾知寇子翼可任也！”。看来再也无大军可与刘秀争锋了，诸将喜气洋洋，祝贺之余，强烈要求刘秀上尊号，继皇帝位。
